Depuis la confluence de l'Ucayali et du Marañón à Nauta au Pérou, le fleuve Amazone se grossit de très nombreux affluents avant de rejoindre l'océan Atlantique:
- Le Jurua, sur la rive droite, nait au Pérou et coule sur près de 3000 km, principalement au Brésil. Son cours sinueux traverse l'Acre puis l'Amazonas avant de confluer avec le Solimões et rejoindre le cours principal de l'Amazone.
- Le rio Japura ou Yapura, sur la rive gauche, prend sa source en Colombie où il porte le nom de rio Caqueta. Il parcours 2800 km avant de confluer avec l'Amazone près de Tefé, au Brésil.
- Le rio Purus, sur la rive droite, descend des montagnes péruviennes et parcours 3200 km au travers de l'amazonie brésilienne avant de rejoindre l'Amazone entre Tefé et Manaus.
- Le rio Negro, affluent de rive gauche, prend sa source en Colombie, où il porte le nom de Guainìa, et détermine une partie de la frontière Vénézualienne. Il traverse le nord du Brésil pour aller confluer en amont de Manaus, la grande ville du cœur de l'Amazonie (900 000 habitants).
Le rio Negro, avec un cours de plus de 2200km, est le plus grand et le plus bel affluent du grand fleuve.
Bordé de magnifiques plages de sable blanc, ses eaux noires rejoignent les eaux blanches du Solimões près de Manaus et les cotoient sur près de 20 kilomètres avant de s'y méler complètement pour former le fleuve Amazone.
Si l'acidité de l'eau favorise la baignade en empèchant la prolifération des moustiques, il est prudent de rester en bordure des plages pour éviter les piranhas.
- Le rio Madeira, affluent de la rive droite meusre pas moins de 3 350 km.
Il nait de la jonction du Mamore et du Beni, entre Manoa et Abunã, à la frontière bolivienne.
Il arrose Porto Velho avant de recevoir le Jiparanà et confluer en aval de Manaus.
- Le Tapajos, autre affluent de la rive droite, est formé du Juruena et du Teles Pires. Entrecoupé de rapide, le Tapajos parcours 1 900 km avant de rejoindre l'Amazone en amont de Santarem.
- Le Xinju, toujours sur la rive rive droite, parcours près de 2 200 km depuis le Mato Grosso pour rejoindre le cours principal de l'Amazone, non loin de l'embouchure .
Entrecoupé de rapide, le Xinju ne devient navigable qu'à partir d'Altamira.
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